特种作战司令部的司令由李忠担任，俞做声出任政委，何平任副司令兼参谋长。俞做声以前是军部作训处的副处长，后来因为与高四娃的部队进行合并，需要人员去支援，所以便被调到独立支队任职，依靠良好的工作成绩，在高四娃牺牲后，便被升任独立支队的代理支队长，在进期才被正式任命为独立支队的支队长。而何平以前则是总部的作战参谋，曾长期负责有关敌后游击作战的事务。对于特种战和敌后游击战的指挥很有一手。
将原属于特种兵大队与独立支队的各单位进行适当的合并或改组之后，组成了特种作战司令部的其他下属单位。比如：将原负责训练工作的单位与人员合并为特种作战司令部下属的训练部，以负责人员的选拔以及训练工作。
独立支队编入新成立的特种作战司令部后，其支队部改编为：敌后游击战指挥部，由俞做声兼任其部长，并出任特种作战司令部的政委兼副司令。
特种兵大队的大队部改编为一个专门负责特种作战的指挥机关，其下辖的部队也由原来的一个营变成了一个团。而它的新名字则是：特种作战指挥部，由邱随担任第一任部长。
战时的高效率之后，特种作战司令部的成立，以及下属单位的组成或改编，仅仅用了几天时间就全部完成，对于部队的作战及训练等工作一点影响也没有显出来。只有一个单位的组建工作没有完成，那就是正组建之中的新单位：城市作战部及其下属的单位。
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